Edificata sul lato ovest del paese, è la Chiesa più vicina alla vetta del monte e al Castello. Era inserita nel sistema difensivo murario urbano.

La Chiesa di Sant’Andrea, ubicata in Via Portella Sant’Andrea, è ritenuta la più antica di Sant’Agata di Puglia, sorse infatti intorno al secolo XVII e sul frontone d’ingresso vi era la data 1537.

Nel 1542 la Chiesa fu ricostruita a una quota più alta rispetto a quella preesistente in seguito a uno slittamento del terreno.

Nel 1698 fu consacrata. Oggi essa è la terza parrocchia del paese dopo quella di San Nicola e di San Michele Arcangelo.

La costruzione, che ha una pianta poligonale, presenta due navate: quella centrale e quella di sinistra (realizzata nel 1872). Presenta volte a botte lunettate, ha la facciata principale a capanna ed è dotata di abside circolare ubicata alle spalle dell’altare maggiore nella navata centrale (su cui è stata addossata una costruzione). Possiede una torre campanaria, inserita nel prospetto della facciata principale; il tipo di fabbrica è composto da pietrame misto e conci di pietra irregolari. La torre campanaria è a due ordini e a tre luci ed è realizzata con fabbrica di pietrame misto. In seguito agli interventi eseguiti dopo lo smottamento del terreno, si è dovuto tamponare la prima luce del campanile che con il suo volume, invade la maestosità della facciata principale, soprattutto verso il lato sinistro. Comunque la torre campanaria, per le sue caratteristiche architettoniche, può essere datata all’epoca normanna.

Nel 1945 fu dipinta a tempera la volta della navata centrale dal pittore Enzo Liberti. Oltre alle attuali opere d’arte, nella navata centrale della Chiesa erano collocati due dipinti, quello al lato destro rappresentava la Madonna con il Bambino, con due Angeli che reggono la Corona (dalla predella emergono gli Apostoli Sant’Andrea e San Pietro), mentre quello al lato sinistro raffigura la Madonna del Carmine.